L’arbre, qui comporte des pieds mâles pourvus de pollen et des pieds femelles portant les ovules, est apparu à l’ère secondaire, il y a 150 millions d’années. C’est un maillon intermédiaire entre les plantes à spores et celles à graines apparues à l’ére tertiaire, qui aurait dû disparaître au cours de l’évolution. Il résista aux perturbations climatiques et géologiques et trouva refuge dans certaines vallées chinoises. Arbre sacré, il sera protégé et planté dans les temples bouddhistes et dans les monastères de la Chine, du Tibet et de l’Inde, car il était vénéré par les moines. C’est un véritable fossile vivant chargé d’histoire. Arbre dioïque et millénaire, il symbolise la dualité du yin et du yang et la longévité d’où son appellation d’arbre de vie au Tibet.

Atteignant les 40 mètres de haut, il porte des feuilles bilobées en éventail avec des nervures dichotomiques. En automne, ses feuilles prennent une couleur jaune d’or, qui lui vaut son nom d’arbre aux mille écus ou d’arbre aux 40 écus ;  c’est en fait le prix payé par un botaniste français, M. de Pétigny, qui a réussi par ruse à acheter cinq plants de ginkgo en 1780 à un marchand qui ne souhaitait pas s’en dessaisir. Les ovules nus, qui ressemblent à une mirabelle, sont fécondés par le pollen sur l’arbre femelle et la formation de l’embryon débute aussitôt, sans interrompre sa croissance, car la graine formée d’un embryon au repos sera inventée  plus tard, au cours de l’évolution.